官军围剿流贼不力，反而被杀的大败亏输，朝中只好放出因党争获罪的名将宋常勤出任三边总督，负责剿灭流贼。
宋常勤入军中，发现军队之中兵无战心，军官骄横，杀良冒功。宋常勤于是用鸿门宴的方式斩杀军头凤人宏，清洗凤人宏的党羽，控制军队。
与此同时涂旦可也被军队抓住，重新整编的军队正缺少医生，于是将涂旦可带上。过程中涂旦可展现出来的医术渐渐获得军队信任，这时他才发现军中有大量医生，甚至连他的师父——一位苏州名医都被抓到军队里来了。
而继续行军后涂旦可才知道军中有这么多医生的原因：原来此时军队之中已经开始爆发传染病，为了稳定军心，军官拼命抓医生试图将疾病控制祝
名医们各自使用办法对付传染病，但是这疾病与之前百年中本朝遇到的病症都不一样，医生们用老办法治疗疾病，却因为药不对症所以根本无效，甚至使得将士们讳疾忌医。
涂旦可通过思索发现了治疗传染病的办法，但是这办法和古书的办法不同，涂旦可提出之后甚至连他的师父都不愿意支持，由此涂旦可被赶出军中。
与此同时，宋常勤也上任总督，他到各地去筹集粮草，可是地主大户们全都互相推委，口中说着自己如何困难，一两银子都没有，但酒宴之后，宋常勤却收到大户门送来的礼单——这些不愿意支持粮草的大户一口气给他送了上千两银子的礼物。
被赶出军队的涂旦可遇到流贼，被流贼裹挟，因为之前在军中救了一个被俘的流贼首领的命，所以他并没有遇害，还被流贼以礼相待。
流贼领袖请求涂旦可给他的部下治病，这时涂旦可才发现这群流贼之中也已经爆发同样的传染病，涂旦可只能尽力救治，但因为没有相应的药品无法治愈。
与此同时宋常勤征收粮饷却遇到极大阻力，那些地主大户无论宋常勤怎么讽刺劝说都不愿拿出军粮，却反而在每次拜见宋常勤之后都给他送上更重的礼物，希望能够让宋常勤放他们一把。
宋常勤调查出这些地主家中都有粮食，却欠税不交，甚至在灾荒紧急的情况下，还有许多官员保护他们，他向朝廷弹劾这些地主和官员试图取得朝廷支持，但是这些地主大户全都有通天的关系，宋常勤的上疏没有任何回应，他反而因此被朝廷排挤。
涂旦可所在的流贼被官军攻击，涂旦可再次被俘回到军中。而这时他发现军中的传染病已经十分严重，甚至连他的师父都染上疾玻
师父在死前问涂旦可：“为什么几百年都有效的办法，此时却无效了？这病还怎么救？”含恨而终。
涂旦可咬牙接下了治疗传染病的工作，请求用自己的新方法治疗疾玻事情上报到宋常勤那里，宋常勤点头同意。
涂旦可使用了新方法终于将传染病控制。
同时，宋常勤将本地的士绅大户聚集在一起，最后询问他们能否出粮，在再一次得到搪塞答复之后宋常勤摔杯为号，让埋伏好的军队将这些大户全部控制，抵抗者杀无赦，然后直接派出军队入大户家中查抄，尽数将这些大户隐匿的粮食未交的税款收回，用这些粮食税款武装军队，去和流贼决战。
大战前夕，涂旦可离开军队，用自己总结出来的治疗传染病的办法，试图去救治更多的受疾病困扰的百姓；宋常勤带领着队伍去和流贼决战；与此同时，因为被抄家而弹劾宋常勤的上疏雪片一般的飞向京城……
整部小说在此戛然而止，虽然没有写出结局，但是整篇文字悲伤的语调已经预示了宋常勤的死亡，或者是死在战场上，或者是被朝廷抓回去问罪，又或者两相夹攻之下，悲愤而亡。这部小说参考《大明劫》写成，但却远远不止《大明劫》电影剧情的内容。